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目前次氯酸钠在水处理领域可以用来氧化降解各类无机物、有机物等，可以有效地降低水体中BOD和COD的含量。同时可以快速杀灭水中多种细菌和微生物。次氯酸钠在在水处理的领域中主要可以分为以下3方面的应用：

次氯酸盐可以将无机污染物氧化去除，并同时起到消毒、除臭、脱色的作用。水中的氨态氮可以被次氯酸钠氧化去除。张胜利等使用次氯酸钠来氧化脱除废水中的氨氮，其研究结果表明这种氧化方法的主要影响因素是氯和氨氮的用量比、反应时间的长短、pH值等，同时溶液中存在苯酚时会影响低浓度氨氯的去除率。施光明等利用次氯酸钠溶液来降解ADC发泡剂废水中的氮氮，弥补了在碱性条件下吹脱除氮的不足。
废水中的氰元素通常为游离态的CN-，或是和金属生成络合物等形态。在pH值较高的外部环境下，次氯酸钠可作为氧化剂，CN-可作为还原剂来发生氧化还原反应。王光华等使用次氯酸钠氧化法处理氰化物和硫化物，在pH值100时等最佳的反应条件下，脱氰率可以高达99%。